El avance de la causa derivó en un entramado complejo que incluye distintos focos de contaminación. Entre ellos se destacan el vertido de hidrocarburos, residuos de reparaciones navales y la falta de infraestructura adecuada para tratar líquidos de sentina, lo que contribuye a la acumulación de contaminantes en la zona portuaria.

El dictamen más reciente del Ministerio Público Fiscal, firmado por el fiscal federal Santiago Eyherabide y el auxiliar fiscal Agustín Roldán, advierte sobre la necesidad de ordenar la investigación para avanzar en la determinación de responsabilidades. La causa también analiza la posible responsabilidad de funcionarios por fallas en los controles.

Uno de los tramos más avanzados llegó a juicio oral por un caso de vertido de efluentes industriales ocurrido en 2016. En 2024, el Tribunal Oral Federal homologó un acuerdo de reparación económica y mejoras productivas, aunque esa decisión fue cuestionada por la querella. La Cámara Federal de Casación Penal revocó ese acuerdo y, tras ese fallo adverso, la defensa apeló ante la Suprema Corte de Justicia, donde actualmente se encuentra el expediente.

En paralelo, la investigación principal sigue abierta en otros aspectos vinculados a la contaminación del puerto. El expediente combina evidencia técnica, denuncias históricas y discusiones judiciales sobre cómo abordar el daño ambiental, en un contexto donde también se mantiene el reclamo por las emanaciones de las harineras.